非洲猪瘟病毒基因分型与血清分群研究进展

3 IGR分型

虽然P72基因分型的方法得到大多数研究者认可，但这种分型对于家猪相关分支（如基因I型分支，又称ESACWA分支）内毒株相互之间的区分度太低，因此导致P72基因分型方法较少用于追踪同一区域内疫情暴发的源头和过程。为进一步查找同一地域内相近毒株的进化演变趋势，2014年Gallardo等对ASFV全基因序列进行了深度分析，发现不同地域/时间流行的ASFV在I73R和I329L基因的中间区域（intergenic region，IGR）存在不同数量组合的串联重复序列（tandem repeat sequences，TRS），如波兰和立陶宛ASFV分离株的IGR与白俄罗斯和乌克兰分离株相同（有10 bp的重复序列插入，后命名为IGR-II型），而与俄罗斯分离株不同（无10 bp的重复序列插入，后命名为IGR-I型），提示波兰和立陶宛ASFV流行株可能来自白俄罗斯。但进一步研究发现，俄罗斯境内的ASFV分离株从2012年开始在IGR位置出现变化，提示传入欧盟的ASFV毒株可能来源于俄罗斯。该毒株于2012年或更早的时期出现，经由白俄罗斯和乌克兰传入欧盟。2015年以后，在波兰检测到IGR-I型毒株，在俄罗斯西部检测到IGR-II型毒株，表明欧洲地区的病毒流行更加复杂，也说明IGR分型可以对ASFV的分子流行情况提供更精确的分析，并在很多研究中成为与P72基因分型和CD2v血清学分型同等重要的分析指标，如在中国、比利时、印度、韩国、马来西亚、印度尼西亚、越南、俄罗斯、意大利等首发/重要疫情确诊毒株或长时间流行毒株演变分析中，均使用IGR分型进行进化溯源分析。

2018年8月，ASFV传入我国后，我国科学家对引发每次疫情的分离株都进行IGR分型分析。目前国内主要的流行毒株属于IGR-II型。但2018年11月国内分离的第一个野猪疫情毒株（China/Jilin/2018/boar，MK189457）属于IGR-I型，与当时家猪流行毒株不同，因此推测此次疫情不是由周边家猪传入。2019年3月，国内首次发现IGR位置出现2个串联重复序列（20 bp）插入的毒株（China/Guangxi/2019/domestic pig，MK670729），这是世界范围内首次发现，并因此将其命名为IGR-III型毒株。相似的，IGR I—III型毒株在韩国和越南也有报道。较详细的数据显示，越南对2019—2021年分离的122株ASFV进行了IGR分型研究，发现IGR II型毒株占95.9%（117/122），IGR III型占3.3%（4/122），IGR I型只分离到1株。2019年，波兰发现了3个串联重复序列（30 bp）插入的毒株（Poland，Warminsko-Mazurskie 2019），并将其命名为IGR-IV型毒株。IGR分型的不断增加，预示着ASFV在长时间流行过程中，伴随着在猪体内的不断复制传播，可能会在某些位置（如IGR位置）出现序列变化。

4 9RL/B602L基因分型

1990年，Dixon等利用RFLP技术，对17株马拉维共和国分离株进行序列分析，发现在ASFV基因组中部125 kb的保守区域内含有1个CVR。1996年，Irusta等进一步对CVR研究发现，该可变区是因9RL基因中四聚体重复区存在序列差异导致的，且在不同毒株以及细胞适应株与种毒之间变异性较高。Irusta等发现CVR的片段大小为228~300 bp，Phologane等发现CVR片段大小为360~686 bp，而Boshoff等发现CVR片段大小为377~533 bp。2020年，Vilem等又进一步将基因II型分离株划分为GII-CVR1和GII-CVR2。不同毒株之间CVR序列信息和片段大小都有差别，这种多变性使得CVR不适合进行基因型划分，但在探讨国家、地区层面以及基因型间流行复杂性上可以发挥作用。目前利用B602L基因进行ASFV分析常与P72基因相结合，首先以P72基因进行基因分型，然后利用CVR进行差异分析，以进一步明确相同P72基因型内各个毒株的关系。

5 P54（E183L）基因分型

虽然早在1995年，Sun等就已证实P54基因在不同细胞传代株之间可以发生变异，但基于P54基因进行进化树分析的却不是很多。2008年，Rowlands等分析了2007年传入格鲁吉亚的ASFV，发现其P54基因序列与5株马达加斯加分离株和2株莫桑比克分离株完全一致，与之后分离的2株莫桑比克分离株在多个位点有差异，此结果对研究格鲁吉亚毒株的来源发挥了重要作用。2009年，Gallardo等同时利用P54、P72和B602L基因对肯尼亚2006—2007年流行的ASFV分离株进行了进化树分析，结果发现P54与P72的基因进化树基本一致，但在P72基因型最大分支基因I型中，P54基因型可进一步划分为4个分支，分别被命名为Ia、Ib、Ic和Id。Ia型主要来自欧洲和美洲，Ib型来自西非国家，包括Lisbon57毒株，而Lisbon60和Mzuki毒株则分别被划分为Ic和Id型。另有研究对赞比亚2005年分离株的P54基因进化分析，结果发现该毒株属于P54基因型 Id分支，提示引起此次疫情暴发的毒株可能来自赞比亚国内或南非区域。但进一步研究显示，赞比亚分离株的P54基因分型还曾包含有Ie、If、Ig、IIa、IIb、VIIIa、VIIIb、XI、XIII和XIV，提示赞比亚流行株包含了多个进化分支。目前，P54基因分型只作为辅助分析指标使用，可能原因是P54基因分型相比P72基因分型，差异不显著，且相比CVR分析，区分度不显著。

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