物流体系的建设是农村电子商务得以实施的前提和基础。商务部《农村电子商务服务规范（试行）》指出要“通过农村电子商务物流体系建设，整合县域现有的物流资源，力争实现资源的合理化配置，为农村群众提供快递收发、本地物流配送等服务，为实现‘工业品下乡、农产品进城’双向流通奠定基础。”
1、 县级物流中心建设
县级物流中心是集仓储、分拣和配送于一体的区域物流中心，其目标是完成区域内物流和信息流的集散，是本县域内部物流运作的枢纽和指挥中心。具体来讲，建设县级物流中心需要达到以下五点功能：
首先是仓储配送功能。县级物流中心至少能够满足本县域工业消费品和农副产品的日常上下行基本物流需求，保证农村电子商务供应链的日常运转。对物流有特殊要求的生鲜农产品，县级物流中心应能够提供保鲜、冷藏和防疫等功能物流设备。一个标准的物流服务中心应有保鲜库、冷藏库等设施内的温控设备和防潮设备，县级物流中心需要根据本县的客观情况，合理投资建设物流中心。
其次是信息集散功能。县级物流中心是区域物流运作的枢纽，是区域内物流资源的协调中心，因此县级物流中心需要具有一定的信息收集、处理和传播能力。县级物流中心需要把市场需求信息直接反馈给农户、合作社和加工企业，并能够实现对主销产品的生产、需求、进出口和市场行情的实时监测和分析，为农村电子商务的不同参与主体提供决策参考，以确保农村电商的持续稳定发展。
最后是展示交易功能。除了基本的仓储配送和信息集散功能外，县级物流中心还需要具备一定的展示交易功能。电子商务发展的趋势是线上与线下结合，在县域，尤其是部分农副产品受到服务半径的限制，目前物流水平无法提供相应的服务，所以对于此类农副产品只能引导消费者到店消费，这是一般县级服务中心建立交易展示模块的原因。
2、乡镇分拨中心建设
乡镇分拨中心主要职能是承接县域和乡村之间的物流中转和配送。分拨中心的建设在选址上要求建立在交通便捷的中心乡镇，综合考虑周边地区的物流需求，同时需要科学规划物流车辆的运行时间节点和路径，尽可能提高物流运作效率。
3、 村级配送网点建设
村级配送网点的主要职能是快递包裹的代收代发，此外村级配送网点更多的是承载农村电子商务服务，例如网络代购代销、信息服务、便民服务和金融服务等。村级配送网点是农村电子商务综合服务体系最基层的触角，是感受农村市场需求和供给的信息神经末梢。一般来讲，村级配送网点的建设主要包括以下三方面内容：
首先是配送网点的选址问题。一般来说，配送网点需要根据当地的实际情况综合选择经济条件相对较好、人口较多的村落，同时兼顾其交通设施和周边环境。其次是建设时应优先借助已有的商贸流通资源。建网点时应优先选择村落里已有的小卖部、小超市，或者邮政点、供销合作社网点等。最后，建设时需要叠加网点的信息服务能力。一般来说，村级配送网点同时也是农村电子商务服务站，需要建设一定的信息基础设施，如电脑、网络、展示货架等。
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